Fuggirono attraversando Francia, Spagna e Portogallo per raggiungere gli Stati Uniti dove arrivarono nel luglio 1940. A motivo degli studi da compiere per i più giovani, scelse di risiedere dall’ottobre del 1940 a Québec e poterli iscrivere all’università cattolica francofona di Laval. Rimasero fino al 1948 in una villa messa gratuitamente a disposizione dalle suore di S. Giovanna d’Arco (un ramo degli Assunzionisti). Zita provò ad aiutare durante la guerra, come era nelle sue possibilità, i suoi paesi. Organizzava conferenze per raccogliere denaro e alimentari da mandare in Austria per mezzo della Caritas, sopratutto durante la ricostruzione nel dopoguerra. Questo costituisce una bellissima prova del suo amore per quelli che si fecero suoi nemici.
Dal 1948 Zita si trasferì negli Stati Uniti, nello Stato di New York, a Tuxedo Park, in una casa acquistata da suo figlio Rodolfo.