Francesco Giuseppe morì il 21 novembre 1916. Carlo diventò subito imperatore d’Austria (non c’era nessuna incoronazione in Cisletania). Già il 30 dicembre 1916 fu consacrato re apostolico d’Ungheria con la corona di santo Stefano, che fu anche posta sulla spalla di Zita, perché doveva aiutare suo marito ad assumere questa carica. L’unzione con il crisma, che precede l’incoronazione, colpì molto la coppia perché sentiva l’enorme responsabilità del suo giuramento. Carlo e Zita si sentivano ancora più in dovere di rendere conto in coscienza della sorte dei loro sudditi davanti a Dio. Questo spiega anche i due successivi tentativi di restaurazione della monarchia in Ungheria e non in altri paesi dell’impero asburgico; questo getta anche una luce sulla morte vicaria ed espiatoria dell’imperatore per i suoi popoli.
L’Imperatrice durante il suo regno sosteneva suo marito, anche se talvolta le loro posizioni, come quella in materia di amnistia per i prigionieri politici ad esempio, non concordavano. Volevano soprattutto alleviare la sofferenza dei loro popoli, portando la benedizione della pace, tramite l’esempio della famiglia di Zita e dei suoi fratelli Sisto e Saverio. Questo fatto fu utilizzato dai bellicisti, pangermanisti e massoni per diffamare la coppia.