Quando Carlo morì a Madeira il 1 aprile 1922, l’imperatrice si sentiva inferiore rispetto a suo marito per quanto riguardava il lato spirituale. Si può dire che volle raggiungerlo anche su questo piano durante il resto della sua vita e pensiamo che ci sia riuscita. Vedova, restò poco a Madeira: qui partorì il suo ottavo figlio, l’arciduchessa Elisabetta a Madrid, al Pardo. In seguito preferì prendere su di sé l’impegno di educare i figli piuttosto che di accettare un’educazione alla spagnola come offriva il re Alfonso XIII. Voleva trasmettere all’imperatore (titolare) Otto l’eredità spirituale e morale di suo padre. Ricorse solo all’aiuto di anziani pedagoghi della Doppia Monarchia che venivano come precettori in casa sua per far seguire al primogenito un doppio piano di studio, molto faticoso, austriaco ed ungherese.
Trovò un primo alloggio nel paese basco di Lekeitio (nell’arcidiocesi di Bilbao) dal 1922 al 1929. Poi, quando Otto e gli altri fratelli e sorelle crebbero, e fu necessario ricorrere all’istruzione universitaria, scelsero l’università cattolica francofona di Lovanio. Si trasferirono vicino a Brussela, a Steenokkerzeel, fino all’invasione del Belgio da parte dei Tedeschi avvenuta il giorno dopo il compleanno della Serva di Dio, il 10 maggio 1940. Fu condannata a morte in contumacia come suo figlio Otto ed altri appartenenti alla famiglia degli Asburgo. La Luftwaffe bombardò il tetto del suo castelletto e i nazisti vollero vendicarsi per averli mancati.