Lors d'un de ses derniers voyages en Autriche, sa santé fut très précaire. Elle continua à se dégrader, elle qui avait déjà perdu l'usage de ses yeux et avait de plus en plus de mal à se déplacer. Elle fut toujours accompagnée de la présence de ses enfants et entourée des soins de sa dame de compagnie, Marie, Baronne  von Plappart. Les témoignages des infirmières chargées de ses soins, des religieuses de la famille spirituelle de l'Œuvre (Familia Spiritualis "Opus") sont absolument édifiants. Elle attend sereinement la mort, pour revoir son tendre époux . Elle fut exaucée le 14 mars 1989, à près de 97 ans.
        

        Lors de son enterrement à Vienne, le 1^er avril 1989, 67^e anniversaire de la mort de son bien-aimé époux, le cérémonial qui fut choisi pour faire entrer la dépouille mortelle dans la Crypte des Capucins exprime fort bien l’humilité de la Servante de Dieu.

       Le chambellan frappa trois coups sur la lourde porte de l’église.
       De l’intérieur, la voix d’un Capucin répondit : « Qui demande à entrer ? ».
       Le chambellan répondit : « Sa Majesté Zita, par la grâce de Dieu, impératrice d’Autriche, reine apostolique de Hongrie, reine de Bohême, de Dalmatie, Croatie, Slavonie, Galicie, Lodomérie et Illyrie, reine de Jérusalem…etc… archiduchesse d’Autriche, grande-duchesse de Toscane et de Cracovie ; Duchesse de Lorraine, de Salzbourg, Styrie, Carinthie, Carniole et Bucovine ; grande-princeesse de Transylvanie, margravine de Moravie ; duchesse de Haute-et-Basse-Silésie, de Modène, Plaisance et Guastalla, d’Auschwitz et de Zator, de Teschen, Frioul, Raguse et Zara ; comtesse princière de Habsbourg et Tyrol, de Kyburg, Goritz et Gradisca, princesse de Trente et Bressanone, marquise de Haute- et Basse-Lusace et enIstrie ; comtesse de Hohenems, Feldkirch, Bregenz et Sonnenberg…etc…. ; souveraine de Trieste, de Cattaro et dans la Marche des Vendes ; grande-voïvode de la Voïvodie de Serbie…etc… ; née princesse royale de Bourbon, princesse de Parme…etc… ».
       La réponse est sans appel : « Je ne la connais pas ». La porte demeure fermée.
       Une seconde fois, le chambellan frappe trois coups. « Qui demande à entrer ? ».
        « Sa Majesté Zita, Impératrice et Reine ».
        « Je ne la connais pas ».
       Et pour la troisième fois résonne une série de trois coups : « Qui demande à entrer ? ».
       « Zita, une personne mortelle et pécheresse ».
       « Qu’elle entre ».

       - Vidéo en allemand avec le cérémonial de l'entrée dans la crypte: