Nach dem Scheitern der Bemühungen Karls um einen separaten Frieden verschlechterte sich die militärische Lage der Zentralmächte zunehmend. Zwar wollte Karl sein Kaiserreich, das er von Nationalismen bedroht wusste, reformieren. Dieses große Unternehmen wollte er aber erst in Friedenszeiten in die Wege leiten. Der Frieden hatte also für ihn oberste Priorität. In seinem Manifest "An meine getreuen österreichischen Völker" vom 16. Oktober 1918 rief er sie dazu, Nationalräte zu bilden,  die über die Entwicklung hin zu einem Bundesstaat der Donauländer hätten entscheiden können. Das galt zumindest für den österreichischen Teil der Monarchie, wo Tschechen, Polen, Ukrainer, Deutsche, Italiener und Slowenen lebten. Im ungarischen Teil war Karl an seinen Krönungseid gebunden, was konkret bedeutete, dass die Magyraren dem Kaiser nicht gestatten würden, den Völkern des ungarischen Teils, den Kroaten, Serben, Rumänen und Slowaken, die gleichen Rechte zu gewähren, die die Ungarn genossen. In der Tat wählten die Nationalräte der jeweiligen Völker nicht den Weg der Reform zum Bundesstaat mit Habsburg, sondern den Weg der Unabhängigkeit.

       Am 11. November 1918 verzichtete Karl auf die Führung der Staatsgeschäfte, nicht aber auf den Thron. Damit folgte er den Ratschlägen Zitas. Das Ehepaar zog sich daraufhin auf Schloß Eckartsau, östlich von Wien, zurück. Dort herrschte aber Kälte, Krankheit, Unsicherheit und Knappheit an Nahrungsmitteln. Der britische Oberst Strutt war in dieser Situation von großer Hilfe. Von der britischen Regierung, die Karl und Zita vor dem Schicksal der russischen Zarenfamilie bewahren wollte, war Strutt beauftragt worden, für die Sicherheit des Kaiserpaares zu sorgen sowie für korrekte Lebensbedingungen. Strutts Zeugnis: „ Sie ist sehr einfach in Schwarz gekleidet und trägt ihre wunderschönen Perlen (...) Mein erster Eindruck ist, dass aus ihr eine außerordentlich große Charakterfestigkeit ausgeht, die durch eine erstaunliche Anmut gemildert wird. Ihre Entschlossenheit ist in den Linien ihres kleinen rechteckigen Kinns eingeschrieben, Klugheit sprüht aus ihren schwarzen Augen, ihre breitere Stirn, halb versteckt hinter dunklen Haaren, bringt die Intellektuelle in ihr zum Vorschein. Aus ihrem Mund habe ich nie eine Klage gehört“.

                        

Am 19. November 1921 gehen Karl und Zita in Funchal an Land. Da sie nun mittellos waren, lebten sie von Spenden der Portugieser. Da Sie auch die Rechnung der Hotels nicht begleichen konnten, wurde ihnen eine Sommervilla kostenlos zur Verfügung gestellt. Bald stellte sich aber heraus, dass das Haus in den ständig nebelumwehten Höhen von Funchal nicht geeignet war für 30 Personen, vor allem im bald einbrechenden Winter. Die Zimmerfrau der Kaiserin schrieb: „Wir hatten nur drei schöne Tage, sonst nur Nebel, Regen, Feuchtigkeit. Auf diesen Bergen ist es kalt. Es gibt kein Strom und es steht nur ein WC für alle Bewohner zur Verfügung. Als Heizungsmittel fungiert grünfeuchtes Holz, das vor allem Rauch erzeugt. Das ganze Haus riecht nach Muff, einziges Verkehrsmittel sind unbezahlbare Ochsen oder die nicht alltäglich fahrende Drahtseilbahn. Zu Fuß in die Stadt gehen hieße den ganzen Tag für den Rückweg vorbehalten, so steil und lang ist die Strecke. Abends gibt es für den Kaiser nur Gemüse, das Kaiserpaar ist zu wenig zu essen, und das obwohl Ihre Majestät im Mai entbinden soll und man auf Arzt und Betreuung der Kinder verzichtet. Es gibt zwar ein Kindermädchen, es fehlt ihr aber jegliche Erfahrung. Bei der Gebut wird es also keine Hebamme geben. Die Lage ist verzweifelt. Das schreibe ich ohne Mitwissen Ihrer Majestät, ich kann aber kaum ertragen, dass man diese zwei unschuldigen Menschen so lange in einem völlig mangelhaften Haus läßt. Man muß dagegen protestieren, die Majestäten werden es von sich aus nicht tun. Lieber würden sie sich bei Brot und Wasser im Keller einsperren lassen als zu klagen. In der Kapelle wachsen die Pilze an den Wänden. Natürlich helfen wir alle so viel wir können, aber manchmal möchte man verzweifeln. Nur weil man sieht, mit welcher Geduld Ihre Majestäten das alles ertragen, geht man zurück zur Arbeit“.

        Es wundert nicht, dass unter diesen Umständen der Kaiser, der ausgegangen war, ein Geschenk zum Geburtstag Karl Ludwigs zu kaufen, erkaltete. Obwohl er hohen Fieber hatte, wurde eine ganze Woche verstrichen, bevor man einen Arzt anrief. Er konnte nur 40° Fieber messen. Zita, die sich auch um die kranken Kinder kümmern musste und viel betete, schlief nicht mehr.  Am Sonntag, dem 26. März wurde eine von der Kaiserin angeführte Prozession zur Genesung des Kaisers organisiert. Er hatte aber schon die letzte Ölung empfangen. In seinem Roman „La dame blanche des Habsbourg“ schrieb Paul Morand  : „Übrig blieb nur eine leidenschaftliche eheliche Liebe, die vor Not und Tod sicher war“. Zita betete dafür, dass Karl zunächst seinen Völkern zurückgegeben wird, erst dann seiner Familie. Er lag ab Karfreitag im Sterben und schied als christlicher Fürst aus dem irdischen Leben. Zita sagte ihm: „Karl, was werde ich denn tun allein?“ und kurz darauf: „Herr, Dein Wille geschehe!“. Karl, der Kaiser von Österreich und König von Ungarn, starb verarmt am Karsamstag, dem 1. April 1922. Er hatte kaum das Alter Christi am Kreuz überschritten: 34 Jahre. Zita war gerade 30 Jahre alt geworden und wartete auf ihr achtes Kind. Trauer sollte sie 67 Jahre lang tragen.